En 2035, ocurre un incidente conocido como “La explosión” en un centro de investigación japonés, lo que da origen a la “Materia” que se expande, consume y se replica a sí misma rápidamente. Serpenteando a través de los restos de represas e instalaciones militares en el desfiladero de Kurobe, el hostil Matter es asediado por grupos de trabajo que intentan evitar que llegue al océano y mercenarios que buscan la verdad detrás de su existencia.
Aiko Tachibana vive bajo vigilancia médica constante después de ser rescatada de la Materia. Pasa sus días esperando su recuperación haciendo aviones de papel. Pronto, su vida diaria en la escuela se ve perturbada por la llegada de la estudiante transferida Yuuya Kanzaki, quien procede a señalar una serie de inconsistencias con respecto a su cuerpo. ¿Por qué nunca se lesiona y por qué de repente ya no necesita su silla de ruedas? Afirma que hay más en su existencia de lo que le han hecho creer, y que solo ella tiene la clave para terminar con The Burst.
Con muchas facciones ahora interesadas en Aiko, ella y Yuuya deben reunir aliados y embarcarse en un peligroso peregrinaje hacia el corazón del desfiladero infestado antes de que la red pueda cerrarse a su alrededor. Para escapar de la conspiración que se mueve contra ellos, la pareja debe enfrentarse a la Materia, un enemigo que fluye como el agua.
