Un infierno tecnológico disfrazado de paraíso, la Academia Tsukimihara es una escuela secundaria artificial que sirve como escenario para la próxima Guerra del Santo Grial. Creada por la computadora Moon Cell, la escuela está habitada por almas proyectadas en la Tierra que tienen la más mínima aptitud para ser un “Maestro”. De estas 256 almas, 128 serán elegidas para el torneo principal y se les otorgará un Servant. Con todos los Maestros seleccionados, la Academia activa una purga, apuntando a las formas de vida restantes para su eliminación.
Al despertar en un charco de su propia sangre, Hakuno Kishinami se niega a morir. Impulsado por sentimientos desconocidos de odio, jura luchar por la supervivencia. Mientras lucha por escapar de un perseguidor implacable, encuentra una hoja carmesí clavada en el suelo; y al sacarlo, Hakuno convoca a su propio Servant, Saber, quien instantáneamente destruye a su perseguidor en una ráfaga de pétalos de rosa. Con su nuevo poder, Hakuno ahora debe comenzar su viaje al núcleo de Moon Cell, Angelica Cage. Allí, revelará el por qué de este mundo artificial y los secretos de su propio pasado empapado de sangre.
