Mahiro Yasaka es solo un estudiante de secundaria ordinario, hasta que un día es atacado repentinamente por un monstruo peligroso. Justo cuando todo parece estar perdido, es salvado por una chica de cabello plateado llamada Nyaruko, que afirma ser la deidad que cambia de forma Nyarlathotep de los Mitos de Cthulhu del autor de terror H. P. Lovecraft, enviada por la Agencia de Defensa Espacial a la Tierra. Ella le explica a Mahiro que la criatura que lo perseguía era un extraterrestre llamado Nightgaunt, que había planeado secuestrarlo y venderlo como esclavo.
Después de rescatarlo del extraterrestre, la deidad lovecraftiana se enamora perdidamente de Mahiro y se obliga a entrar en su casa, para su disgusto. Además, pronto se les unen otros dos del universo ficticio: Cthuko, una chica obsesionada con Nyaruko, y Hasuta, un joven que fácilmente se confunde con una hermosa mujer. Juntos, los tres alienígenas excéntricos protegen a Mahiro de los diversos peligros extraterrestres que amenazan su bienestar y el de la Tierra, mientras hacen de su vida un infierno.
